En 1870 la Municipalidad de Heredia se interesó en establecer un centro de educación secundaria en esta provincia; este inicio con el nombre de Colegio de Heredia el 15 de agosto de este mismo año, en una casa que alquilaron, pero se cerró por falta de recursos económicos.
En 1875 se abre nuevamente, ahora con el nombre de San Agustín, funcionando en una casa que cedió gratuitamente don Braulio Morales. También tuvo que cerrarse en 1880 por falta de medios económicos de la municipalidad.
El 29 de diciembre de 1904, el gobernador de la provincia, don Joaquín Gutiérrez Córdoba y la señorita Anita Roy Lordy Pundy, firmaron el contrato donde la municipalidad adquiere una vieja casona de dos plantas que había sido construida en 1882 y se reabre el Colegio San Agustín.
El 14 de septiembre de 1905, el Prof. Luis Felipe González Flores, secretario del Colegio San Agustín, comunicó a la Corporación Municipal de Heredia, que la papelería del Colegio venía con el nombre de Liceo de Heredia, en lugar del Colegio San Agustín, como correspondía. Solicita a la Municipalidad que decida se devuelve la papelería, o se cambia el nombre de la institución por Colegio de Heredia.
El señor Presidente de la Municipalidad, don Luis R. Flores, presentó la moción a favor del cambio. Esta fue puesta a discusión y después de un debate fue aprobado, por lo que el 4 de septiembre de 1905, se puede ubicar el nacimiento del Liceo de Heredia.
Se trata de una institución centenaria por la cual pasaron grandes educadores, uno del más connotado Omar Dengo. También pasaron grandes hombres y mujeres como Roberto Brenes Mesén, Carmen Lyra, Omar Dengo, Joaquín García Monge y Marco Tulio Salazar, entre otros, quienes han dado grandes aportes a la pedagogía y a la educación costarricense.