Este museo fue construido entre 1874 y 1877 por el General Tomás Guardia y remodelada en 1936 por el presidente León Cortes Castro. Varios militares alajuelenses que comandaron el cuartel llegaron a ser presidentes de la República, como el General Próspero Fernández y el General Bernardo Soto Alfaro.
Ya para 1894 se contaba con un moderno equipo militar capaz de armar a cinco mil hombres. Se cree que los túneles subterráneos que conectan el cuartel con la residencia del general y el ayuntamiento de la ciudad, son de la remodelación de 1936.
Tras la abolición del ejército en 1948, fue convertido en un centro educativo y posteriormente fue la sede del Centro de Investigación y Perfeccionamiento de la Enseñanza Técnica (CIPET). Recientemente se estableció en el edificio el Museo Histórico Cultural Juan Santamaría.
Este museo fue declarado de Interés Histórico Arquitectónico, según Decreto Ejecutivo publicado en La Gaceta.