La Capitanía de Puerto era un puesto de vigilancia que se había establecido para tener una mejor visión del mar y de las islas del golfo.
Hoy en día es un sitio de información y atracción turística, ofreciendo a los visitantes nacionales como extranjeros un espacio para realizar actividades, exposiciones y exhibiciones artísticas.
Si hablamos de su historia, en 1850, se improvisó una casilla de teja, palma, adobe y mangle para observar la zona y atender a los viajeros, la venta de tiquetes e inspección de mercadería.
En 1938, durante la administración de León Cortés, fue construida la actual capitanía; donde se administraba la importación y exportación. Con un estilo colonial, se encuentra junto a la entrada del muelle.
Tanto en el pasado, como en el presente, este sitio alberga empleados gubernamentales de diferentes instituciones como del INCOP, así como del área de turismo y seguridad pública.
En 1994 Fue declarado patrimonio arquitectónico desde el 25 de octubre. En abril del 2008, el Instituto Costarricense de Turismo la reinauguró como un centro que brinda servicios turísticos.