El Golfo de Nicoya es hogar de varias islas e islotes, cada una con un atractivo diferente. Entre las islas más grandes del Golfo están: Isla Venado con una extensión de 440 hectáreas y gran cantidad de manglares, el Islote Pan de Azúcar con un paisaje marino de gran belleza hogar de una población grande de aves marinas, especialmente pelícanos pardos, entre otros.
Isla Tortuga es la más visitada y conocida por los turistas ya que cuenta con paisajes impresionantes y una buena infraestructura turística. Isla Chira, la isla más grande del Golfo, habitada y dedicada en menor escala al turismo; Isla San Lucas, donde residía la antigua Cárcel de Costa Rica, y también Isla Caballo e Isla Bejuco. Desde Puntarenas, Playa Naranjo o Cóbano se pueden tomar botes para hacer un recorrido por las islas del Golfo.