En 1886 se produjo el contrato con Silas Wright Hastings para la construcción de un mercado permanente. Las obras fueron dirigidas por el ingeniero Juan de Jongh (holandés) y los trabajos supervisados por Joaquin Lizano Gutiérrez. Se inauguró el 23 de junio de 1889.
Inicialmente el mercado lo componían altos y amplios galerones abiertos, construidos en estructura de hierro protegidos con una cubierta de láminas de hierro galvanizado. En 1926 la municipalidad lo demolió y en 1929 se
levantó el actual edificio bajo la supervisión del gobernador Luis Flores.
Los incendios de 1978 y 2003 afectaron mucho su estructura, obligando a implementar drásticas modificaciones. Declarado Patrimonio Histórico Arquitectónico el 12 de junio de 2003.