Este museo se localiza en el antiguo cuartel de Puntarenas, el cual se restauró para albergar también la Casa de la Cultura, un anfiteatro y la Biblioteca Pública. En la primera de éstas se realizan exposiciones de pintura y escultura temporales (mensuales) y en el anfiteatro se programan mensualmente obras de teatro, danza y música.
La información arqueológica que presenta permite conocer sobre los primeros asentamientos de grupos indígenas en la región, la forma como obtenían sus alimentos, aprovechando los diversos recursos de la zona, los tipos de enterramiento que practicaron y las relaciones de intercambio y comercio que establecieron.