En 1870, el naturalista alemán Alexander von Frantzius construyó su residencia en el lugar conocido como Buenavista por la panorámica
que mostraba de la ciudad de San José.
En 1876 fue adquirida por Mauro Fernández. Estuvo desocupada de 1910 a 1914, año en que fue comprada por el gobierno de Alfredo González Flores para convertirla en cuartel.
El nacimiento del Museo Nacional, a finales del Siglo XIX, se enmarcó dentro del proyecto liberal de “orden y progreso” que implicó la reorganización de la cultura nacional por medio de reformas en el campo educativo y la creación de instituciones con fines culturales y científicos, como el Museo Nacional.
El 4 de mayo de 1887, bajo la presidencia de Bernardo Soto, se creó el Museo Nacional con el propósito de dotar al país de un establecimiento público para depositar, clasificar y estudiar los productos naturales y artísticos.
Desde sus primeros años, el museo se orientó hacia la investigación científica, la educación, la exhibición y la defensa del patrimonio cultural y natural. Destacan en sus orígenes figuras como Anastasio Alfaro, Pablo Biolley, José Cástulo Zeledón, Adolfo Tonduz, María Fernández de Tinoco y José Fidel Tristán.