Parte de la zona de lo que hoy día es el Parque Morazán fue una laguna de la cual se extraía barro para fabricar adobes. En 1878 se inició el proceso de desecación de esos terrenos, consolidándose como espacio abierto, con el nombre de Plaza de la Laguna.
Por decreto del 15 de setiembre de 1887, se dispuso construir un parque y bautizarlo con el nombre del General Francisco Morazán. El proyecto se encargó al Ing. Juan de Yongh y se inauguró en 1890. Con el paso del tiempo han sido muchas las transformaciones realizadas al parque. En una de ellas se incluyó un pequeño parque japonés (década de 1950).
La remodelación actual se realizó en 1991 para dar una ambientación de principios del siglo XX.