En el territorio se pueden encontrar áreas costeras, lagunas, ríos, pantanos herbáceos, bosques inundados y bosques de pequeñas colinas que no superan los 219 metros sobre el nivel del mar. La alta precipitación durante casi todo el año convierte a Barra del Colorado en uno de los sitios más lluviosos del país, con una humedad relativa anual promedio de un 88 %, como es típico de las zonas bajas del trópico muy húmedo.
Todos estos elementos hacen de Barra del Colorado una de las áreas con mayor diversidad biológica de la región del Caribe costarricense. Es hogar de gran diversidad en especies, incluyendo la tercera parte de las especies de fauna declaradas en peligro de extinción para el país. Posee ecosistemas que generan servicios esenciales para el bienestar de las comunidades que lo forman y tiene un alto atractivo turístico aún no descubierto del todo por nacionales y extranjeros.
El Refugio de Vida Silvestre Barra del Colorado, por su cercanía se administra desde el Parque Nacional Tortuguero.