Puntarenas está bendecida con una costa salpicada de pequeñas islas. Un lugar excelente para visitar es el Parque Nacional de la Isla del Coco, que ha sido designado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO, debido a su rica vida marina. Las aguas que rodean la isla albergan 600 especies de moluscos marinos, 300 especies de peces y 32 especies de corales.
Desde el nivel del mar, Puntarenas se extiende hacia adentro y hacia arriba hasta Monteverde, donde se encuentran la Reserva del Bosque Nuboso y la de Santa Elena, ambas increíblemente ricas en biodiversidad, incluidas sus coloridas ranas y pájaros.
El Parque Nacional de Carara también se encuentra aquí, y abarca el único bosque de transición en el Pacífico Central. Además, su proximidad a San José hace que el parque sea una excursión fácil de hacer desde la ciudad.