Entre 1910 a 1914 durante la administración del presidente Ricardo Jiménez fue construido el edificio donde hoy se encuentra el museo. Fue declarado Reliquia Histórica de Valor Arquitectónico, en 1984.
Este lugar desempeñó un papel histórico importante durante la Revolución de 1948 y con el tiempo siguió albergando a las fuerzas de seguridad y fuerza pública de la ciudad.
En abril del 2010, luego de una restauración completa liderada por la Municipalidad de Cartago, el edificio se constituyó en el Museo Municipal de Cartago, en respuesta a la necesidad de la ciudad por conservar su patrimonio histórico, social y arquitectónico, así como de aprender acerca de la historia, la cultura y la naturaleza de la provincia de Cartago.
El Museo Municipal de Cartago es un organismo sin fines de lucro con el único objetivo de brindar a la comunidad cartaginesa el acceso al conocimiento y recreación del patrimonio histórico cultural y natural de la provincia, través del acopio, conservación, investigación y difución del patrimonio tangible e intangible que constituye parte de la memoria histórica de Costa Rica.